2 I batteri e le piante
Processo infettivo
Batteriosi vascolari
Batteriosi parenchimatiche
Batteri atipici: i micoplasmi
APPROFONDIMENTO 23
Osservazione, isolamento e identificazione dei batteri
Per identificare un ceppo batterico si possono fare osservazioni microscopiche e test biochimici che si basano sulle diverse caratteristiche metaboliche dei batteri.
Osservazione al microscopio
I batteri possiedono densità solo un po’ più alta di quella dell’acqua e perciò usando un microscopio ottico si vedono difficilmente in sospensione liquida perché sono quasi trasparenti.
L’osservazione dei batteri può avvenire solo previa colorazione che consente di differenziare vari tipi morfologici (tramite la forma, la disposizione, la reazione di Gram, ecc.) e osservare determinate strutture (flagelli, capsule, endospore, ecc.).
I coloranti sono composti organici contenenti dei radicali cromofori che producono colore e dei gruppi auxocromi salificanti.
La maggior parte dei coloranti sono sali, ma vengono chiamati basici se la porzione colorata si comporta come una base, o coloranti acidi se si comporta come un acido.
Lo studio della forma e struttura può essere fatto con preparati a fresco e con preparati fissati.
Prima della colorazione i microrganismi sono generalmente sospesi in acqua o in altro liquido e distesi su un vetrino ben pulito in modo da formare uno strato sottile e uniforme.
Dopo essiccamento all’aria, i microrganismi sono fissati chimicamente o più comunemente al calore, passando rapidamente il vetrino sulla fiamma.
Laboratorio-Fissazione di un preparato
Per preparare i batteri alla colorazione si prepara un vetrino con i microrganismi.
Occorrente: sospensione di batteri, bunsen, colorante.
Procedimento: 1) strisciare la goccia con la sospensione batterica sul vetrino in modo da formare un film né troppo sottile né troppo spesso; 2) asciugare all’aria, se il film si asciuga come uno strato opaco significa che è troppo spesso, se non si nota potrebbe essere troppo sottile; 3) passare il vetrino brevemente sulla fiamma per fissare il film batterico in modo che durante le procedure per la colorazione non venga lavato via; 4) pipettare sopra il colorante e aspettare circa un minuto, per fare in modo che penetri nelle cellule; 5) lavare con acqua per asportare il colorante; 6) tamponare il vetrino; 7) osservare al microscopio.
Le tecniche di colorazione possono essere suddivise nelle seguenti tipologie.
Colorazioni semplici
Rendono le cellule meglio evidenziabili all’osservazione microscopica. Richiedono l’uso di un solo colorante (es. blu di metilene, cristal violetto, fucsina basica). La colorazione semplice è utilizzata per valutare la forma, la disposizione e le dimensioni dei batteri, non consente però di evidenziare i dettagli della struttura interna.
Laboratorio-Colorazione semplice
Obiettivo: i batteri sono ovunque, non c’è ambiente, neppure la casa più pulita, che ne sia priva. Proviamo ad evidenziarli nel terreno, nell’acqua, negli alimenti che consumiamo.
Occorrente: latte non pastorizzato o lasciato a temperatura ambiente per 12- 18 ore, infuso di fieno preparato da due giorni, piante di fagiolo o altre leguminose (fave, trifoglio) vicine alla fioritura, vetrini, microscopio, bunsen, carta da filtro, acqua distillata, xilolo, alcol a 95°, blu di metilene, soluzione di fucsina fenicata, stereomicrosopio, lametta, aghi mancanti, soluzione fisiologica (soluzione di NaCl 0,9%), pipette, ansa.
Procedimento
Nel latte: 1) porre una goccia di latte su un vetrino; 2) stenderla con l’ansa; 3) lasciare asciugare; 4) fissare passando il vetrino velocemente alla fiamma; 5) immergere in xilolo per 1 minuto e asciugare all’aria; 6) immergere in blu di metilene per 0-15 secondi; 8) sciacquare e asciugare a temperatura ambiente; 9) osservare a forte ingrandimento.
Nell’infuso di fieno: 1) porre una goccia di latte su un vetrino; 2) disperdervi un poco della muffa superficiale dell’infuso; 3) lasciare asciugare all’aria; 4) fissare passando il vetrino velocemente sulla fiamma; 5) aggiungere il colorante (blu di metilene o soluzione fucsina fenicata) fino a coprire il materiale; 6) attendere 4-5 minuti poi sciacquare sotto acqua corrente; 7) lasciare asciugare all’aria; 8) osservare a forte ingrandimento.
Nelle leguminose: 1) estirpare delicatamente le piante senza rompere le radici; 2) lavare le radici sotto acqua corrente con cautela; 3) prelevare un tubercolo integro e di colore chiaro; 4) porre sotto lo stereomicroscopio; 5) dividere il tubercolo a metà con la lametta; 6) prelevare un poco del materiale scuro al centro e stemperarlo in una goccia di soluzione fisiologica posta su un vetrino portaoggetti; 7) coprire con il coprioggetti e osservare a forte ingrandimento.
Colorazioni complesse
Sono largamente impiegate nell’identificazione dei batteri (colorazioni differenziali) perché evidenziano non solo la morfologia, ma anche determinate caratteristiche. Esse richiedono l’uso di due coloranti. Una delle colorazioni differenziali più comuni è la colorazione di Gram sulla base della quale i batteri si dividono in due gruppi principali, Gram-positivi e Gramnegativi. In seguito alla colorazione i batteri Gram-positivi si colorano in blu-violetto, mentre i Gram-negativi si colorano in rosso. Il diverso comportamento dei due gruppi di batteri è dovuto alla differente struttura della parete cellulare.
Test preliminari di orientamento per procedere all’identificazione
Per indirizzare il ricercatore verso la scelta di successive procedure di identificazione si fanno anche test di rapida esecuzione che non richiedono tempi di incubazione.
Test KOH È un metodo alternativo alla colorazione di Gram, poiché i lipidi presenti nella parete dei Gram negativi vengono disciolti dal trattamento con KOH dando luogo ad una sostanza mucosa, mentre i Gram-positivi non mostrano alcun cambiamento chimico-fisico.
Laboratorio
Occorrente: KOH al 3%.
Procedimento: 1) porre su un vetrino portaoggetti una goccia di KOH al 3%; 2) stemperare una porzione della colonia batterica; 3) agitare velocemente con un’ansa; 4) sollevare di tanto in tanto per evidenziare la formazione di un filamento mucoso. Se si forma il filamento la reazione è positiva e i batteri vengono considerati Gram-negativi, se non si forma la reazione è negativa e i batteri vengono considerati Gram-positivi.
Test della catalasi Permette di individuare i batteri aerobi. Questi producono piccole quantità di acqua ossigenata (perossido di idrogeno H2O2) che neutralizzano scindendola mediante l’intervento dell’enzima catalasi in O2 e H2O.
Laboratorio.
Occorrente: soluzione 30% (10 volumi) di acqua ossigenata.
Procedimento: 1) sospendere un frammento di una colonia in una goccia di soluzione al 30% (10 volumi) di acqua ossigenata; 2) osservare la comparsa immediata di bollicine prodotte dall’ossigeno derivato dalla reazione: 2H2O2→ 2H2O + O2 è indicativa della presenza della catalasi.
Test dell’ossidasi
Permette di distinguere e separare gli enterobatteri (tutti ossidasi negativi) dagli Pseudomonas. Alcuni batteri posseggono l’enzima citocromo ossidasi, la cui presenza può essere messa in evidenza dalla ossidazione di un accettore artificiale di elettroni la tetra-metil-para-fenilendiammina.
Laboratorio
Occorrente: colonia cresciuta sulla superficie dell’agar, tetra-metil-para-fenilendiammina all’1%.
Procedimento: 1) distendere parte della colonia su carta da filtro; 2) aggiungere una goccia di tetra-metil-para-fenilendiammina all’1% preparata di fresco; 3) osservare in caso di positività una colorazione rosa che tenderà a intensificarsi fino a viola intenso. Se la reazione è negativa non si osserverà nessuna variazione cromatica.
Test biochimici
Questi test mettono in evidenza le proprietà metaboliche solo di alcuni batteri e non di altri, coinvolgono numerose proprietà fisiologiche e danno risultati coltivando i batteri in terreni selettivi e arricchiti.
Laboratorio
1 - Test Rosso metile
Si basa sul principio che alcuni batteri fermentanti producono una miscela di acidi sufficiente ad abbassare il pH al di sotto di 4,3.
Si attua in terreno glucosato con aggiunta dell’indicatore Rosso metile dopo incubazione.
Differenzia le colture di Escherichia (rosse) da Enterobacter e Klebsiella (gialle).
2 - Test Fermentazione dei carboidrati
È utilizzato per differenziare gli enterobatteri. Si basa sulla loro attività fermentativa con produzione di acidi e/o gas durante la crescita. Si attua in terreno liquido con il carboidrato e un indicatore di pH (es. rosso fenolo).
3 - Test del citrato
Essendo unica fonte di C determina un’alcalinizzazione del terreno. Si attua in terreno con aggiunta di citrato e un indicatore di pH (es. blu di bromotimolo) per evidenziare il pH alcalino. Serve a differenziare Klebsiella e Enterobacter da Escherichia o Edwardsiella da Salmonella.
4 - Test Decarbossilasi
Si attua in terreno arricchito di amminoacidi più l’indicatore porpora di bromocresolo che vira a violetto se l’enzima è attivo. Si basa sul principio che la decarbossilazione di amminoacidi libera CO2 e ammine. Aiuta a determinare il gruppo batterico tra gli enterobatteri.
5 - Test Liquefazione della gelatina
Si basa sul fatto che molti batteri posseggono proteasi e idrolizzano la gelatina. Si attua in brodo nutritivo con l’aggiunta di gelatina al 12%. Se la gelatina è idrolizzata il terreno rimane liquido anche dopo il raffreddamento.
6 - Test Produzione di H2S L’H2S
Viene prodotto in seguito alla degradazione di amminoacidi contenenti gruppi solforici o dalla riduzione del tiosolfato. La formazione di H2S si evidenzia dalla precipitazione di solfuro ferroso nero. Si attua su terreni ricchi di ferro.
7 - Test Indolo
Il triptofano presente nelle proteine è convertito a indolo la cui presenza è evidenziata dall’aggiunta di reattivi (dimetilaminobenzaldeide). Permette di differenziare Escherichia (+) da Klebsiella /Enterobacter (-).
8 - Test Riduzione del Nitrato
Il nitrato può fungere da accettore di elettroni (respirazione anaerobia) riducendosi a NO2- o N2 in brodo nutritivo con nitrato. Dopo l’incubazione la presenza di nitriti è evidenziata dall’aggiunta di acido sulfanilico (colore rosso).
9 - Test di fermentazione ossidazione (O/F)
Alcuni microrganismi producono acidi solo quando crescono in condizioni di aerobiosi. Aiuta a differenziare Micrococcus (solo produzione aerobica degli acidi) da Staphylococcus (produzione di acidi anaerobia). Pseudomonas (produzione aerobica degli acidi) da enterobatteri (produzione di acidi anaerobia).
10 - Test Idrolisi dell’amido
La soluzione Iodio iodurata dà un colore blu in presenza di amido. I batteri sono fatti crescere in un terreno agarizzato contenente amido. Dopo l’incubazione si inonda la piastra con liquido di Lugol e si guarda l’eventuale zona di chiarificazione intorno alle colonie. Aiuta a identificare batteri capaci di idrolizzare l’amido (ad es. Bacillus).
11 - Test Fenilalanina deaminasi
Si attua in terreno arricchito in fenilalanina a cui si aggiunge, dopo la crescita, cloruro ferrico per determinare un colore verde. Caratterizza il genere Proteus e il gruppo Providencia.
12 - Test Ureasi
L’urea (H2N-CO-NH2) viene scissa a 2NH3 + CO2. Si attua in terreno contenente urea al 2% e fenolo come indicatore dell’innalzamento di pH. Permette ad esempio di distinguere Klebsiella (+) da Escherichia (-).
13 - Test Voges-Proskauer (VP)
Aggiungendo il reattivo alfa-naftolo dopo incubazione in ambiente con fermentazione dello zucchero si ottiene colore rosso se positivo. Caratterizza i ceppi di Bacillus.